施工和启动期间的洁净度和清洁施工和装配，涉及的许多工作，本身也会产生污染。所以需要制定并执行清沾施T协议，保证达到规定的污染控制目标。特别要注意工作的时间安排，污染最大的工作一定要排在污染较轻或对污染较为敏感的工作前完成。
施工中，需要采取措施随时隔离和清除装配和施工过程中产生的污染，减少对周围地区的污染，例如无尘车间以使用临时性的屏障和墙，对临界区加压，还可在空气处理系统中采用临时性的“献身”式过滤器。这种过滤器是用来保护洁净。不受外界污染，顺利进行初始的加压和运作。在建造批准前和其后的设施使用前的确定阶段或启动阶段，就要用适当等级的过滤器把这种过滤器更换来。应该按照规定制定计划，持续地或频繁地清洁和控制，防止污染聚集在设施的任何部分，也便于启动HU进行实质性的最后的清洁工作。
应该接收及最终施工处问的个地方，进行部件的初期清洁工作，和完全没必要作为现场施工的一部分而需原地进行的准备或装配T作，这样的程序极有利于减少对设施备部分的污染，对以后难于清洁或不可能清洁的部分有特殊的价值。
安装在适当的基底或建筑选材时应该考虑使用时的化学特性、热特性和机械应力以及电导率和脱气特性。此外，用户和供应商还应考虑灵活性、功能性、耐久性和可维护。